Im Rahmen der Mikrobiologischen Medizin werden Mikroorganismen verabreicht, um die Darmflora wieder herzustellen und damit die körpereigenen Abwehrkräfte zu aktivieren.
Während Fertigpräparate körperfremde Mikroorganismen enthalten, werden die Autovaccine aus inaktiven, patienteneigenen Mikroorganismen hergestellt. Es handelt sich also bei den Autovaccinen um eine Form der Mikrobiologischen Therapie.